知識的價值不在于占有,而在于使用。

生信自學網-速科生物-生物信息學數據庫挖掘視頻教程

當前位置: 主頁 > 課程試學 >

exoRBase外泌體數據庫挖掘(環狀RNA/lncRNA/mRNA/ceRNA調

時間:2019-11-08 21:25來源:生信自學網 作者:樂偉 點擊:
exoRBase外泌體數據庫挖掘(環狀RNA/lncRNA/mRNA/ceRNA調控網絡)

ExoRBase數據庫:

外泌體(exosome),是由細胞分泌的一種直徑在30-150nm之間的囊泡,屬于細胞外囊泡的一種,含有不同種類的RNA,可以調節受體細胞的行為,并且可以作為疾病的循環生物標記物,在血液,唾液,尿液等多種體液種都廣泛存在。

exoRBase數據庫收集的血液外泌體樣本種各種RNA的數據,包括circRNAlncRNAmRNA等。一共92個樣本,58330circRNA15501lncRNA18333mRNA

癌癥種類:Normal正常樣本32

CHD冠狀動脈心臟疾病6

CRC結腸癌12

HCC肝細胞癌21

PAAD胰腺癌14

BC乳腺癌2

WhB全血樣品5
購買課程:《exoRBase數據庫挖掘》

課程目錄:

ExoRBase外泌體數據庫簡介,軟件準備,exoRBase數據下載,mRNA差異分析,lncRNA差異分析,circRNA轉換idcircRNA差異分析,預測mRNA結合的miRNA,預測lncRNA結合的miRNA,預測circRNA結合的miRNACytoscape輸入文件準備,調控網絡可視化,symbol轉換為idGO富集分析,KEGG富集分析。

預測mRNA結合的miRNA 軟件:TargetScanmiRanda

預測lncRNA結合的miRNA 軟件:miRcode

預測circRNA結合的miRNA 軟件:ENCORI(以前叫starbase




生信自學網精品課程推薦:
《中藥網絡藥理學》
《TCGA和GEO代謝基因預后模型挖掘》
《免疫相關lncRNA預后挖掘》
《TCGA單基因挖掘》


責任編輯:樂偉
作者申明:本文版權屬于生信自學網(微信號:18520221056)未經授權,一律禁止轉載!
加生信自學網群
BioWolf二維碼生成器
頂一下
(0)
0%
踩一下
(0)
0%
------分隔線----------------------------
發表評論
請自覺遵守互聯網相關的政策法規,嚴禁發布色情、暴力、反動的言論。
評價:
表情:
用戶名: 驗證碼:點擊我更換圖片
TCGA腫瘤微環境
推薦內容
單基因發文套路
m6A