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單細胞測序scRNA-seq數據下載【生信分析】

時間:2019-07-30 07:20來源:生信自學網 作者:樂偉 點擊:
如何從GEO數據庫下載單細胞測序數據,單細胞測序數據也可以做生信分析,如果你有單細胞測序的實驗數據,整理好矩陣,也可以自己分析,方法,方法很重要。
scRNA單細胞測序數據下載
生信自學網給大家準備了,生信分析如何挖掘單細胞測序數據:
《單細胞測序數據挖掘課程》

 數據下載步驟:
1、進入GEO數據庫主頁:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds/

2、在搜索框輸入關鍵詞,比如合理我們研究乳腺癌,輸入“breast cancer scran-seq”,點擊搜索

3、進入搜索結果頁面,我們看到有10個結果,那么我們要從中找到適合我們分析的數據,單細胞測序數據是細胞的數據,所以一般樣品都有幾百上千,如果樣品太少說明不符合我們的研究需求。
比如在這里我們用這張芯片作為研究對象” Unravelling subclonal heterogeneity and aggressive disease states in TNBC through single-cell RNA-seq [RNA-Seq]”,有1534個sampes,點擊芯片標題,進入芯片詳情頁。

4、進入芯片詳情頁,我們可以仔細讀下芯片的說明,已經樣本信息,這里作者整理的樣本比較規范,有利于我們后期分析。


5、接下來我們就要把數據下載下來,我們拉到芯片的后面,找到“Supplementary file”原始數據,下載“GSE118389_counts_rsem.txt.gz”,用于我們后面分析,有學員會有疑問,如果芯片沒有“GSE118389_counts_rsem.txt.gz”怎么辦呢?那么我們也可以下載“GSE118389_tpm_rsem.txt.gz”這個數據作為研究數據。

那么我們就把數據下載好了
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責任編輯:樂偉
作者申明:本文版權屬于生信自學網(微信號:18520221056)未經授權,一律禁止轉載!
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