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devtools安裝SingleR和gganatogram包報錯

時間:2019-10-22 10:22來源:生信自學網 作者:樂偉 點擊:
devtools安裝SingleR和gganatogram包報錯
在學習《GTEx聯合TCGA挖掘》《單細胞測序GEO芯片挖掘》時,經常有學員遇到個別R包無法安裝的問題
大部分情況,時因為網速限制的問題,因為從github下載R包需要一定的網速,如果是用網忙時一般都會遇到報錯,比如:

看下兩個包的安裝腳本:

1、SingleR (主要用于注釋細胞類型,非常好用的一個R包)
#install.packages("devtools")
#library(devtools)
#devtools::install_github('dviraran/SingleR')
2、gganatogram包 (主要用于繪制解剖圖)
#install.packages("devtools")
#library(devtools)
#devtools::install_github("jespermaag/gganatogram")

從命令我們很容易看出,從github下載R包都是通過devtool工具,很多學員在安裝和調用devtools包經常會出現類似報錯的信息,其實這個包安裝很容易,基于R3.6.1,可以很快安裝調用,到了devtools::install_github("jespermaag/gganatogram")這句命令,就需要網速比較好,一般凌晨用網閑時,下載數據比較快,以下界面是在凌晨5點下載的界面,供大家參考:
1、工具:R 3.6.1
2、網絡:電信(這個其實也挺重要,其他寬帶上外網比較難)
3、輸入安裝命令




生信自學網課程推薦:
《GTEx聯合TCGA數據庫挖掘》
《單細胞測序GEO芯片挖掘》



責任編輯:樂偉
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